Les congés maladie longue durée des fonctionnaires sont imposables

Par Thibault Fingonnet
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Le Conseil constitutionnel estime que l’imposition des indemnités d’arrêt maladie longue durée des fonctionnaires ne crée pas d’inégalité avec les salariés du privé, qui bénéficient d’une exonération d’impôt sur le revenu.

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Fonctionnaires et salariés du privé ne sont pas imposés de la même manière sur les indemnités perçues lors d’un arrêt maladie de longue durée. En effet, si les indemnités journalières de la Sécurité sociale des salariés sont bien imposées comme des salaires, ce n’est pas le cas lorsqu’ils sont atteints d’une affection de longue durée. Ainsi, pour une maladie nécessitant un traitement médical lourd et coûteux, les indemnités perçues par les salariés sont exonérées d’impôt.

A l’inverse, les sommes perçues par les fonctionnaires lors d’un congé maladie de longue durée doivent être déclarées au fisc comme traitements et sont donc soumises à l’impôt sur le revenu sans distinction. Cette différence notable entre salarié et fonctionnaire ne constitue cependant pas un manquement au principe d’égalité devant la loi, selon la décision n°2013-365 du Conseil Constitutionnel, publiée au Journal Officiel du dimanche 9 février 2014. Les Sages ont statué sur ce point suite à une question prioritaire de constitutionnalité (QPC) déposé le 14 novembre dernier.

Les fonctionnaires ont un régime spécifique d’indemnisation

En effet, le Conseil constitutionnel estime que la différence de traitement fiscal ne crée d’inégalité en raison du statut spécifique des fonctionnaires en la matière. Les agents de la fonction publique ne perçoivent pas d’indemnités journalières d’un organisme de la Sécurité sociale comme les salariés du privé : ils bénéficient d’un régime différent.

Ainsi, leur paye est maintenue à 100% durant les trois premiers mois d’un arrêt maladie longue durée puis à 50% les neuf mois suivants. Elle est également maintenue à 100% durant un an, puis 50% les deux années suivantes, lorsqu’il est constaté « que la maladie rend nécessaires un traitement et des soins prolongés et qu’elle présente un caractère invalidant et de gravité confirmée », rappellent les Sages dans leur décision. Enfin, « en cas de tuberculose, maladie mentale, affection cancéreuse, poliomyélite ou déficit immunitaire grave et acquis », le traitement du fonctionnaire est pleinement versé pendant trois ans puis à 50% les deux années suivantes.

Sur cette base, et en considérant que « les régimes respectifs des congés de maladie conduisent à des versements de nature, de montant et de durée différents », le Conseil constitutionnel a maintenu la différence de traitement fiscal des indemnités perçues par les salariés et les fonctionnaires lors d’un congé maladie longue durée.

Quelle fiscalité pour les indemnités d’arrêt de travail ?

La plupart des indemnités pour arrêt maladie ou d’autre cas d’arrêt de travail, comme un congé maternité ou paternité par exemple, sont soumises à l’impôt sur le revenu. Mais quelques indemnités sont intégralement exonérées : c’est le cas des sommes versées aux salariés pour un congé longue durée, « en cas de maladie comportant un traitement prolongé et des soins particulièrement coûteux ». Les indemnités versées aux victimes de l’amiante et leurs ayants droit ainsi qu’aux personnes souffrant de maladies provoquées par une exposition à un essai nucléaire (maladie radio-induite) sont également exonérées.
A noter que les sommes versées en cas d’accident du travail ou de maladie professionnelle ainsi que les indemnités d’inaptitude liées à une telle occurrence sont exonérées d’impôt sur le revenu à hauteur de 50%.

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