À partir du 1er septembre, les arrêts de travail des agents de la fonction publique ne pourront pas, comme pour les salariés, excéder un mois en première prescription et deux mois en deuxième.
Les arrêts maladie bientôt limités pour les fonctionnaires
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À compter du 1er septembre 2026, les arrêts de travail des fonctionnaires sont plafonnés : 31 jours maximum en première prescription et 62 jours en cas de prolongation, alignant ainsi le secteur public sur les règles du privé instaurées par la LFSS 2026. Un décret paru au Journal Officiel du 31 juillet 2026 encadre désormais les congés maladie des agents publics.
- L'employeur public peut, dès le 1er septembre 2026, faire contrôler la présence à domicile d'un agent en congé maladie si la prescription l'exige.
- Les arrêts de travail papier doivent être établis sur un formulaire Cerfa sécurisé pour lutter contre la multiplication des faux arrêts depuis la crise du Covid-19.
- Pour suivre une formation ou un bilan de compétences pendant un congé maladie, le fonctionnaire doit obtenir un avis favorable préalable d'un médecin agréé.
- Une indemnité d'attente est versée aux agents de la fonction publique d'État en fin de droits pour maladie ordinaire, en attente d'un congé de longue maladie (CLM, 3 ans max) ou de longue durée (CLD, 5 ans max).
Les fonctionnaires vont prochainement connaître un plafonnement de leurs arrêts de travail. À compter du 1er septembre 2026, les agents de la fonction publique ne pourront pas être arrêtés par un médecin, un chirurgien-dentiste ou une sage-femme à la suite d’un accident ou d’une maladie plus de 31 jours la première fois et plus de 62 jours lorsque l’arrêt est prolongé.
Cette mesure a été instaurée par un décret publié au Journal Officiel du 31 juillet dernier. Ce texte correspond à un alignement avec plusieurs dispositions mises en place par la loi de financement de la Sécurité sociale (LFSS) pour 2026 à l’égard des salariés du secteur privé aux agents de la fonction publique.
Des contrôles médicaux désormais possibles
Ainsi, en cas de renouvellement de l’arrêt de travail, la rémunération du fonctionnaire sera maintenue uniquement si l’arrêt est prolongé par le prescripteur de l’arrêt initial. Autre nouveauté : l’employeur (l’administration, la collectivité locale ou l’hôpital) pourra, toujours à partir du 1er septembre, faire contrôler un agent public placé en congé de maladie. Ce contrôle pourra porter sur la présence du fonctionnaire à son domicile si la prescription médicale précise une telle obligation.
Comme pour les salariés du privé, les avis d’arrêts de travail au format papier délivrés aux agents de la fonction publique devront être établis au moyen d’un formulaire Cerfa sécurisé. Cette mesure vise à lutter contre les faux arrêts qui se multiplient depuis la crise sanitaire du Covid-19.
Une nouvelle indemnité d’attente
Pour commencer ou poursuivre une formation ou un bilan de compétence durant un congé maladie, le fonctionnaire devra avoir obtenu, au préalable, un avis favorable du médecin agréé. Enfin, les agents en attente de l’attribution d’un congé de longue maladie (CLM) ou d’un congé de longue durée (CLD), et qui sont en fin de droits pour leur congé de maladie ordinaire, auront droit à une indemnité d’attente.
Ils bénéficieront de cette indemnisation jusqu’à la date de la décision de reprise de service ou de placement en CLM (arrêt de trois ans au maximum) ou en CLD (arrêt de cinq ans au maximum). À savoir : cette mesure concerne uniquement les agents de la fonction publique d’État (et pas les fonctionnaires territoriaux, ni les fonctionnaires hospitaliers).
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Rédacteur en chef spécialisé dans la retraite
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